風冷式冷水機和水冷式冷水機雖然都是冷水機,但是機組本身冷卻的方式不同,因此在安裝方式也是不同的。風冷式比較方便,接上水管和電源就可以運行了,但是制冷效果比水冷式冷水機要稍差,因為風冷式冷水機的冷卻方式是空氣,而空氣受環境溫度影響較大,而組安裝位置也需要在冷水機四周留有空間。
水冷式冷水機因其使用水為其本身冷卻,所以名之為水冷式,水冷式冷水機需要安裝冷卻水塔為機組冷卻,在管道工程上比風冷式冷水機多二條水管,但是水冷式冷水機效果比風冷好很多,甚至在選型上可以比風冷式小一個型號,所以在有安裝條件下,大多數用戶會選擇水冷式冷水機。